Narodowe Centrum Badań i Rozwoju powstało w 2007 roku jako pierwsza agencja rządowa powołana do realizowania zadań z zakresu polityki naukowej, naukowo-technicznej i innowacyjnej państwa. Z biegiem lat poszerzały się kompetencje NCBR, zmieniały się ramy działania, ale sedno działalności instytucji pozostało stałe. Programy NCBR, łączące wysiłki nauki i przemysłu, odpowiadają na wyzwania rozwojowe Polski. Od czasu swojego powstania, Narodowe Centrum Badań i Rozwoju z małej instytucji rozwinęło się w największy ośrodek wspierania innowacji w Europie Środkowo-Wschodniej, z budżetem rzędu miliarda euro rocznie.

W okresie od 1 sierpnia 2022 roku do 6 marca 2024 roku nadzór nad Narodowym Centrum Badań i Rozwoju sprawował minister właściwy do spraw rozwoju regionalnego.